網(wǎng)站的物理結(jié)構(gòu)是指網(wǎng)站目錄的結(jié)構(gòu)和所包含文件的真實(shí)位置。物理結(jié)構(gòu)一般包括兩種不同的形式：扁平物理結(jié)構(gòu)和樹(shù)狀物理結(jié)構(gòu)。

對(duì)于一個(gè)小型網(wǎng)站，所有頁(yè)面都存儲(chǔ)在網(wǎng)站的根目錄中，這是一個(gè)平面的物理結(jié)構(gòu)。具有扁平物理結(jié)構(gòu)的網(wǎng)站。

這種扁平的物理結(jié)構(gòu)非常適合搜索引擎，因?yàn)樗许?yè)面都可以在一次訪問(wèn)中遍歷。但是，如果有太多的web頁(yè)面和太多的web文件放在根目錄中，那么查找和維護(hù)它們是相當(dāng)麻煩的。因此，扁平的物理結(jié)構(gòu)一般適用于只有幾頁(yè)的小型和微型站點(diǎn)。

對(duì)于大型網(wǎng)站，通常需要兩到三級(jí)或更多的子目錄才能保證網(wǎng)頁(yè)的正常存儲(chǔ)。這個(gè)多級(jí)目錄也稱為樹(shù)物理結(jié)構(gòu)：即根目錄被細(xì)分為多個(gè)通道或目錄，然后屬于這個(gè)目錄的終內(nèi)容頁(yè)存儲(chǔ)在每個(gè)目錄下。

使用樹(shù)型物理結(jié)構(gòu)的優(yōu)點(diǎn)是易于維護(hù)，但是對(duì)于搜索引擎來(lái)說(shuō)，要掌握它相對(duì)比較困難。目前，互聯(lián)網(wǎng)上的網(wǎng)站內(nèi)容普遍豐富，大多采用樹(shù)型物理結(jié)構(gòu)。

與網(wǎng)站的物理結(jié)構(gòu)不同，網(wǎng)站的邏輯結(jié)構(gòu)也成為鏈接結(jié)構(gòu)，主要是指網(wǎng)頁(yè)內(nèi)部鏈接形成的邏輯結(jié)構(gòu)，即鏈接結(jié)構(gòu)。邏輯結(jié)構(gòu)和物理結(jié)構(gòu)的區(qū)別在于，邏輯結(jié)構(gòu)是由網(wǎng)頁(yè)的互連決定的，而物理結(jié)構(gòu)是由網(wǎng)頁(yè)的物理存儲(chǔ)地址決定的。

在網(wǎng)站的邏輯結(jié)構(gòu)中，“鏈接深度”通常用來(lái)描述頁(yè)面之間的邏輯關(guān)系“鏈接深度”是指從源頁(yè)面到目標(biāo)頁(yè)面的路徑數(shù)。例如，如果網(wǎng)站的a頁(yè)中有指向目標(biāo)頁(yè)B的鏈接，則從a頁(yè)到B頁(yè)的鏈接深度為1。

-扁平邏輯結(jié)構(gòu)：一個(gè)扁平邏輯結(jié)構(gòu)的網(wǎng)站，實(shí)際上網(wǎng)站中的任何兩個(gè)頁(yè)面都可以相互連接，也就是說(shuō)，網(wǎng)站中的任何一個(gè)頁(yè)面都包含指向所有其他頁(yè)面的鏈接，頁(yè)面之間的鏈接深度為1。目前，單純采用扁平邏輯結(jié)構(gòu)作為全站儀結(jié)構(gòu)的網(wǎng)站很少。